Les seuls cas de toxicité signalés étaient le fait de contaminants.

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Les probiotiques sont des bactéries, des levures et autres micro-organismes qui peuplent notre intestin et d’autres parties de notre corps. De nombreux aliments fermentés en contiennent et on a récemment vu une multiplication des compléments alimentaires en proposant.
Parce que l’expression « probiotique » regroupe une immense variété de micro-organismes, il est impossible de répondre sur l’ensemble de ces bactéries et levures.
Les articles scientifiques qui évoquent une possible toxicité des compléments alimentaires contenant des probiotiques font en général référence à de possibles contaminants dans ces produits, en particulier une bactérie nommée Enterococcus faecium qui peut être à l’origine de troubles intestinaux, ou un champignon microscopique, Rhizopus oryzae. Mais il s’agit là de contaminants, pas de probiotiques.
Certains sites internet mentionnent la possibilité de prendre du poids lors de prise de probiotiques, en s’appuyant sur le fait que certains d’entre eux sont utilisés en élevage pour augmenter le poids des porcs. Mais, de nouveau, les probiotiques utilisés en élevage ne sont pas forcément de la même espèce que ceux proposés dans les compléments alimentaires ou présents dans les aliments fermentés.
À ce jour, les autorités de santé n’ont publié de mise en garde sur la prise de probiotiques qu’à destination des personnes dont l’immunité est affaiblie par l’âge, une maladie (par exemple une leucémie aiguë, un lymphome sévère, le VIH/sida, etc.), un médicament (par exemple les médicaments anticancéreux, les biothérapies contre les maladies  auto-immunes, les médicaments contre le rejet d'une greffe, etc.), ou à des nourrissons.
 
Sources  
Un cas de toxicité de probiotiques chez un nouveau-né prématuré, dû à un contaminant
https://www.vidal.fr/actualites/14621/immunosuppression_la_fda_met_en_garde_contre_l_utilisation_de_certains_complements_alimentaires/
Attention Cet article d'actualité rédigé par un auteur scientifique reflète l'état des connaissances sur le sujet traité à la date de sa publication. Il ne s'agit pas d'une page encyclopédique régulièrement remise à jour. L'évolution ultérieure des connaissances scientifiques peut le rendre en tout ou partie caduc.

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