Le microbiote est l’ensemble des bactéries qui vivent dans notre corps. Le plus connu est le microbiote intestinal (la « flore intestinale »), mais il en existe d’autres : cutané (peau), buccal (bouche et gorge), vaginal, anal et… pulmonaire (dans les voies respiratoires).
Ces bactéries sont importantes pour le développement de notre immunité (pendant l’enfance) et pour son maintien (chez l’adulte). En exerçant une sorte d’infection à bas bruit permanente, les microbiotes informent et stimulent les cellules qui composent notre système immunitaire.
Depuis le début de la pandémie, des équipes scientifiques ont cherché à comprendre si les microbiotes intestinaux et pulmonaires avaient une influence sur la vulnérabilité à la COVID-19 et sur le risque de complications potentiellement graves. Des données intrigantes ont été collectées mais, pour l’instant, rien de cohérent n’émerge de ces travaux. Ce travail de recherche est compliqué par le fait que toute infection, en particulier si elle se traduit par des symptômes sévères, modifie la composition des microbiotes. Donc les observations recueillies ne sont peut-être pas spécifiques de la COVID-19.
Par exemple, on sait que le coronavirus SARS-CoV-2 peut infecter toutes les cellules qui ont, sur leur membrane, le récepteur à l’ACE2 (enzyme de conversion de l’angiotensine 2) et quelques autres récepteurs. Les cellules portant ce récepteur se trouvent dans les voies respiratoires, mais aussi dans l’intestin, le rein, les testicules, etc. Des travaux ont montré que les cellules de l’intestin peuvent être infectées et produire du coronavirus mais ce virus ne semble pas infectant. On ignore encore tout des interactions entre le microbiote intestinal et les cellules intestinales infectées.
Dans le contexte de la COVID-19, les études ont particulièrement concerné une famille de bactéries présentes dans de nombreux microbiotes : les Prevotella, dont on sait qu’elles interagissent avec les cellules immunitaires en stimulant certaines de leurs fonctions, et qu’elles pourraient être infectées par le coronavirus (mais cela n’a pas été confirmé par des études sérieuses). Prevotella est surtout présente dans les microbiotes des adultes, ce qui a fait penser que les enfants étaient protégés parce qu’ils en hébergeaient peu. Mais Prevotella est davantage présente dans les microbiotes féminins et pourtant, ce sont les hommes qui développent le plus de formes sévères de la COVID-19. Les personnes obèses ont davantage de Prevotella dans leur microbiote intestinal mais, à l’inverse des femmes, elles sont plus sujettes aux complications graves.
Dans un autre domaine, Prevotella a été accusée d’aggraver les inflammations chroniques (en stimulant le système immunitaire local) mais, chez les personnes asthmatiques dont les petites bronches sont en permanence enflammées, Prevotella est anormalement absente des voies respiratoires !
Ces exemples montrent à quel point il est complexe d’essayer de comprendre les interactions entre les microbiotes de notre corps et le coronavirus (ou tout autre virus ou bactérie).
Sources
Sur l’infection des cellules de l’intestin par le coronavirus, 1er avril 2020
Ce que l’on sait de l’influence de Prevotella sur les inflammations, 2017
Sur une éventuelle infection de Prevotella par le coronavirus, février 2020
Une mise au point de l’équipe Check News de Libération sur le sujet
Un article des Décodeurs du quotidien Le Monde sur ce sujet, 24 avril 2020
Attention
Cet article d'actualité rédigé par un auteur scientifique reflète l'état des connaissances sur le sujet traité à la date de sa publication. Il ne s'agit pas d'une page encyclopédique régulièrement remise à jour. L'évolution ultérieure des connaissances scientifiques peut le rendre en tout ou partie caduc.