Même si les scientifiques le suspectaient depuis longtemps, ce n’est que depuis 2008 que l’on sait avec certitude qu’il existe un microbiote (une « flore ») pulmonaire comme il existe un microbiote intestinal, bucco-dentaire, vaginal ou cutané.
Ce microbiote particulier s’installe au cours des deux premiers mois suivant la naissance et, comme pour le microbiote intestinal, sa toute première composition varie selon si le nouveau-né est né à terme ou prématuré, par les voies naturelles ou par césarienne. Les micro-organismes qui vont former le microbiote pulmonaire proviennent de la bouche, de l’air inhalé et du microbiote intestinal. Environ deux mois après la naissance, ce microbiote est stabilisé et change peu au cours de la vie.
La composition de ce microbiote varie selon la localisation dans l’appareil respiratoire (bronches, bronchioles ou alvéoles pulmonaires). Il contient essentiellement des bactéries (Neisseria, Streptococcus, Prevotella, Veillonella, Fusobacterium, etc.) mais aussi des bactériophages (des virus qui s’attaquent aux bactéries) et des champignons microscopiques (Aspergillus, Saccharomyces, etc.).
La densité en micro-organismes du microbiote pulmonaire est bien moindre que celle présente dans les intestins, mais leur biodiversité est tout aussi importante, voire plus selon certains scientifiques.
Le rôle de ce microbiote pulmonaire est très similaire à celui des autres microbiotes que nous hébergeons : contribution à l’architecture pulmonaire (il semble favoriser la formation d’alvéoles pulmonaires plus petites et plus nombreuses), barrière protectrice contre les infections respiratoires, éducation et maintien des défenses immunitaires dans les bronches et les poumons.
Les équipes scientifiques commencent tout juste à explorer les déséquilibres de la flore pulmonaire dans les maladies respiratoires chroniques comme la BPCO (bronchopneumopathie chronique obstructive), l’asthme ou la mucoviscidose. Comprendre ces déséquilibres pourrait ouvrir la porte à des traitements à base de probiotiques (des micro-organismes similaires à ceux de la flore) en complément des traitements classiques.
Par ailleurs, une rumeur a couru, au printemps 2020, sur le rôle présumé d’une famille de bactéries présente au sein de tous nos microbiotes, les Prevotella, dans l’apparition des symptômes liés à la Covid-19. Cette rumeur était sans fondement et aucune étude n’a mis en évidence un rôle significatif des Prevotella dans la Covid-19, ni comme cause, ni comme facteur favorisant la sévérité de la maladie.
Sources
Un article très complet sur ce que l’on sait de la flore pulmonaire par la Société française de microbiologie, 2020
Un article des Décodeurs du quotidien Le Monde sur la rumeur des Prevotella, 24 avril 2020
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